На самом деле «Старфайтер» оказался грандиозным провалом. Летные испытания каждый раз выявляли серьезные проблемы в конструкции и оборудовании, дело нередко доходило до аварий и крушений. Летчики рассказывали, что управлять этим истребителем невероятно тяжело: «F-104 никому не прощал ошибок. Сломать себе шею на нем было легче легкого. Другие самолеты его поколения предупреждали о неправильных действиях пилота тряской, креном или другими факторами. "Старфайтер" же — никогда. Он просто срывался в штопор и падал на землю».
Чтобы обезопасить пилотов, «Старфайтеры» оборудовали системами катапультирования. Только они выбрасывали пилотов не вверх, а вниз, через днище самолета. Это было не очень мудрое решение. Если пилот решал катапультироваться на высоте менее 500 метров, то его просто вбивало в землю. Поэтому при аварийной ситуации на взлете или посадке пилот был обречен.