Сегодня вторая часть ответа.
Кому платить за использование программы — старому правообладателю или уже новому?

Ответ неоднозначный. Найдено два противоположных подхода, оба при этом выглядят логичными. Что почитать:
• обсуждение на форуме Юрклуба;
• в журнале Политика и общество есть статья на нужную тему.

Если коротко, подходы выглядят так:
• вознаграждение выплачивается новому правообладателю.
•• право на вознаграждение входит в состав исключительного права (п. 10.1. Постановления Пленумов ВС РФ и ВАС РФ №5/29 от 26 марта 2009 года). Исключительное право передается в полном объеме. Значит передаётся и право требования вознаграждения;
•• по лицензионному договору одна сторона — обладатель исключительного права. Поэтому, если у первоначального правообладателя уже нет исключительного права, то он уже не сторона договора. Далее мнения разделяются. Считают, что замена лицензиара происходит и автоматически, и в порядке обязательной перемены лиц. Но право требования вознаграждения переходит вместе с договором;
•• найдено в комментариях к Гражданскому кодексу. Переход исключительного права на результат интеллектуальной деятельности к новому правообладателю не основание для изменения или расторжения заключенного лицензионного договора. В основе решения — юридическая конструкция правопреемства. В результате правопреемства исключительное право прежнего правообладателя прекращается. У нового правообладателя возникает исключительное право на тот же объект и в том же объеме. К новому правообладателю исключительное право переходит в составе всех юридических отношений прежнего правообладателям — он продолжает личность прежнего правообладателя. С момента перехода исключительного права к новому правообладателю, лицензиат обязан предоставлять отчеты, уплачивать вознаграждения и исполнять иные обязанности по лицензионному договору только ему.

• вознаграждение выплачивается старому правообладателю.
•• переход исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации к новому правообладателю не основание для изменения или расторжения заключённого лицензионного договора. Поэтому и сторону договора менять не нужно. Это происходит по желанию сторон;
•• факт передачи исключительного права уже состоялся со старым правообладателем. Он предоставил право использования программы = новый правообладатель не получает вознаграждения. Лицензия, выданная старым правообладателем, обременение для нового. За такое обременение он не получает вознаграждения;
исключительное право — абсолютное право;
•• право требования по лицензионному договору — не абсолютное, вытекающее из обязательственного правоотношения. По договору отчуждения передается только исключительное право, а право требования остается у старого правообладателя.

Вопросы возникают и по вознаграждению, и по обязанности предоставлять отчеты, и по остальным обязанностям.

Написанное касается вознаграждений, которые выплачивается периодически. Если право использования было предоставлено безвозмездно или на установленный срок, но вознаграждение было выплачено сразу, то вопросов не возникает.

Конечно, этот вопрос также решается на усмотрение сторон и регулируется договором между ними.